Ab dem WS 1966/67 studiert Gerd Koenen Geschichte, Politikwissenschaften und Romanistik an der Universität Tübingen. Unmittelbar nach den Ereignissen in Westberlin am 2. Juni 1967 tritt Koenen von der Humanistischen Studenten-Union (HSU) zum Sozialistischen Deutschen Studentenbund (SDS) über und ist zeitweise Hochschulreferent des Tübinger AStA. Zwischenexamen im SS 1968.
Im Herbst 1968 wechselt Gerd Koenen an die Johann-Wolfgang-Goethe-Universität in Frankfurt am Main. Weitere Aktivitäten im SDS und in der Basisgruppe Historiker sowie außeruniversitäre Aktivitäten in einem lokalen neo-leninistischen Zirkel. Im Frühjahr 1972 Staatsexamen in Politikwissenschaften und Geschichte.
Kurz vor dem Millenium erscheint auf Anregung von Helge Malchow bei Kiepenheuer & Witsch 2001 seine kultursoziologisch und mentalitätsgeschichtlich geprägte Darstellung „Das rote Jahrzehnt – Unsere kleine deutsche Kulturrevolution 1967-1977“, die seither (Stand 2018) zu einem stillen Klassiker geworden ist.